La contrada che per oltre due secoli fu ravvivata dalla presenza del teatro Apollo rimase fino alla prima metà del '600 il luogo più triste della città per la presenza delle temute carceri di Tor di Nona.
Dove risuonavano canti, melodie e si alternavano rappresentazioni con un pubblico allegro e plaudente, in precedenza si erano uditi i lamenti e le urla straziate dei prigionieri torturati.

Queste carceri erano situate all’interno di una grossa torre superstite del recinto di mura eretto a difesa della riva sinistra del Tevere, nel tratto che va dalla porta Flaminia all’attuale ponte Sisto, a guardia di un posto di sbarco e di una posterula per l'ingresso di materiali da costruzione e di derrate alimentari.

Il nome di "Torre della Nona", col quale è menzionata in un documento della fine del '300, è un'alterazione di Torre dell'Annona, ceduta per testamento nel 1385 da Giovanni di Giacomello Orsini alla Compagnia del Salvatore.

Dal 1408 la fabbrica era conosciuta come "la presone de lo papa"; e non si sa con precisione quando cominciò ad essere adibita a carcere.

Da memorie del '400 sappiamo che la torre, di grandi dimensioni, si innalzava con forma quadrata raggiungendo un’altezza di tre piani con merli guelfi in cima. Adiacenti erano ampi magazzini adibiti a deposito di legname.
Le carceri di Tor di Nona, destinate all'espiazione di delitti comuni, con annesso il tribunale per le cause civili e criminali, dipendevano da un ufficiale della Curia pontificia, il Soldano, scelto a sue spese tra i familiari del Pontefice. Leone X trasformò il soldanato in "ufficio vacante" o "venale", che poteva essere acquistato con una somma stabilita.

Paolo IV, volendo mettere riparo agli abusi che si commettevano a danno dei detenuti, affidò la carica, insieme all'ufficio criminale del Governatore, alla Compagnia di San Gerolamo della Carità, fondata per assistere i malati e i prigionieri poveri nei loro processi e nelle pratiche per la difesa e liberazione. Pio V nel 1568 incaricò la Compagnia dell'amministrazione giudiziaria e finanziaria delle carceri.
Il fabbricato poteva contenere fino a duecento prigionieri, divisi nelle varie prigioni "pubbliche" a seconda della categoria cui erano stati assegnati e alla condizione personale di fortuna. Si dividevano in tre categorie: agiati, non poveri, poveri che vivevano di carità e dell’obolo dei cittadini raccolto in una cassetta appesa alle inferriate del piano terreno.

Per le donne e gli uomini i locali erano separati; i sacerdoti occupavano una carcere a parte in una casa adiacente. Vi era anche una prigione speciale per i galeotti in attesa del transito.
In ogni piano erano circa venti celle "segrete", ciascuna con un nome particolare come inferno, paradiso, purgatorio, la monachina, la zoppetta, la fiorentina, il pozzo, la conserva, la paliana.

Altri locali erano destinati ai tribunali del Vicario, del Governatore e dell’Auditore di Camera, dove si giudicavano i delitti e si stabilivano le torture. Una delle peggiori era "la veglia", praticata con molte precauzioni, affinché il prigioniero non morisse durante il supplizio confessando la propria colpa.

L’edificio comprendeva ancora gli uffici di Cancelleria, la stanza in cui avevano luogo le visite delle autorità, la cappella, l'infermeria e in basso una cantina per la vendita del vino, esente da gabella.
Nelle sudice, malsane mura di quella torre languirono attraverso i secoli migliaia di condannati, fra cui molti famosi malfattori e personaggi storici, come i fratelli Giacomo e Bernardo Cenci e Giordano Bruno. Francesco Pucci, filosofo e letterato, compagno di prigionia di Tommaso Campanella nelle carceri del Sant’Uffizio, fu trasferito a Tor di Nona per essere decapitato, dopo di che il suo corpo venne arso in piazza Campo de’ Fiori. Aveva scritto alcuni trattati con cui rivelava il desiderio di una religione universale di stampo utopistico. Sosteneva di aver tratto le proprie concezioni grazie allo Spirito Santo che, attraverso visioni, lo ispirava permettendogli di preconizzare il prossimo avvento del regno di Dio che avrebbe provocato la conversione di tutti i popoli sotto un’unica confessione cristiana.

La sua opera principale, del 1581, è la "Forma d'una repubblica cattolica" con la quale reclamava "un libero e santo concilio al quale si vede che tutti gli uomini da bene di tutte le province inclinano".

Il "De Christi servatoris efficacitate in omnibus et singulis hominibus" del 1592, dedicato a Clemente VIII, in cui riassunse e sviluppò tutte le sue teorie su una Chiesa universale ed ecumenica, gli valse la condanna a morte per eresia: fu catturato a Salisburgo nel 1594 dall'Inquisizione e condotto in carcere a Roma, dove conobbe Giordano Bruno e Tommaso Campanella, che in quegli anni andava maturando attraverso drammatiche vicende l’uomo, il pensatore e il teorico della politica. Dell’esperienza umana di Campanella furono componenti principali proprio il carcere, la tortura, la persecuzione, la tetra cerimonia in Roma della pubblica abiura e anche il supplizio del compagno di prigionia Francesco Pucci. Questi fattori diedero vita alla cosiddetta "passione" campanelliana, il cui tono tragico emerge in uno stadio alto nel sonetto scritto appunto per il supplizio del Pucci, in cui rivela la ribellione e l’affermazione della propria "missione":