La zona dell’attuale via XX Settembre era, agli inizi del Seicento, quasi completamente disabitata e caratterizzata dalle maestose rovine delle terme di Diocleziano che si stagliavano sul paesaggio di sfondo. Qui i frati carmelitani scalzi possedevano una vigna con un romitorio, dove volevano costruire una chiesa da dedicare a San Paolo. I religiosi non avevano mezzi sufficienti per l’impresa, ma non si diedero per vinti e decisero di iniziare la costruzione dell’edificio confidando nell’aiuto della Divina Provvidenza, che in effetti non tardò ad arrivare, in un modo del tutto inaspettato. I lavori avevano preso il via nel 1608, secondo il progetto di Carlo Maderno. Nel 1619, "nel piantarsi una spalliera" nell’orto del convento, i frati rimasero di stucco nel veder emergere dalla terra smossa il bianco di una statua marmorea, che si rivelò, una volta tirata fuori, una splendida scultura di Ermafrodito dormiente, copia romana di un capolavoro ellenistico realizzato dal bronzista Policle nel II secolo a.C., conosciuto e lodato da Plinio. Il corpo ambiguo e bellissimo dalle forme sinuose ed eleganti sembra girarsi nel sonno per mostrare i suoi caratteri di entrambi i sessi. "L’Ermafrodito – spiega Paolo Moreno in ‘Scultura Ellenistica’ – esercita una lusinga con la sua torpida mossa, attrae con l’atto inconsapevole: al variare della prospettiva indotto dagli spostamenti cui siamo invitati, inverte la propria apparenza da femminile a maschile, ingannando finanche sulla natura del sonno, innocente o torbido a vicenda". Certo un soggetto imbarazzante per i poveri frati, che decisero di donarlo al cardinale Scipione Borghese, nipote del pontefice Paolo V e appassionato collezionista d’arte, che si sdebitò elargendo una somma cospicua che permise il completamento della chiesa, riconsacrata a Santa Maria della Vittoria, in ringraziamento per il felice esito della battaglia della Montagna Bianca (8 novembre 1620) presso Praga, in cui le truppe cattoliche avevano sconfitto l’esercito del protestante Federico di Sassonia. La chiesa avrebbe a lungo conservato il quadretto con l’adorazione dei Magi portato a Roma dal carmelitano Domenico di Gesù e Maria, al cui miracoloso potere si attribuiva la vittoria nell’epico scontro. Distrutto da un incendio il 29 giugno del 1833, è oggi sostituito da una copia.

Il cardinale Scipione fece portare la statua dell’Ermafrodito nella villa fuori Porta Pinciana che si era fatto costruire da Flaminio Ponzio e Giovanni Vasanzio per ospitare la sua collezione d’arte antica e moderna. Ne affidò quindi il restauro al suo scultore prediletto, Gian Lorenzo Bernini, che la poggiò su un materasso marmoreo, elemento virtuosistico che riproduce nella durezza del marmo la morbidezza del giaciglio. L’artista aggiunse anche un soffice cuscino sotto il capo del giovinetto e il piede sinistro, che risultava mancante. Per ultimo, fece appoggiare il tutto su un letto di legno con lo stemma dei Borghese, come si vede in un bronzetto oggi al Metropolitan Museum di New York, che reca l’iscrizione "duplex cor uno in pectore / saepe invenies / Cave insidias", ossia "troverai spesso due cuori nello stesso petto: guardati dagli inganni".

L’opera, però, non era esposta liberamente. Il cardinale Scipione aveva paura che quella creatura dalla sessualità così ambigua potesse turbare i più sensibili tra i suoi ospiti, perciò la teneva gelosamente custodita in un armadio di legno che apriva molto di rado.

Sul finire del Settecento, il Marchetti aveva eseguito gli ornati della volta della sala in cui era conservata la statua, con inseriti cinque quadri di Nicola Buonvicini, nei quali si narrava la struggente storia di Ermafrodito, figlio di Hermes e di Afrodite, e della ninfa Salmace, cantata anche da Ovidio nelle sue Metamorfosi. La ninfa si era innamorata del bellissimo Ermafrodito, senza esserne ricambiata. Nella fontana sacra alla ninfa, vicino ad Alicarnasso, Salmacide si avvinghiò così forte al corpo dell’amato che vi stava nuotando da fondersi con lui, in modo da non poterne più essere divisa per l’eternità, dando origine a un nuovo essere dalla doppia natura.

La scultura, però, non sarebbe a lungo rimasta nella sua bella sala: nel 1807 seguì il destino di gran parte della raccolta del cardinale Scipione, che Camillo Borghese fu costretto a vendere al cognato Napoleone Bonaparte, di cui aveva sposato la sorella Paolina. Oggi costituisce uno dei pezzi più apprezzati della collezione d’arte antica del Museo del Louvre a Parigi. I visitatori di Villa Borghese, però, al suo posto possono ammirare un Ermafrodito simile in marmo pario, forse proveniente anch’essa dall’area di Santa Maria della Vittoria. Secondo un antico inventario, sappiamo che nel 1762 si trovava nelle cantine della palazzina in cui oggi è il Museo. Da qui fu portato nel Palazzo di piazza Fontanella Borghese, dove il Winckelmann lo vide nel 1764. Il giovane era sdraiato, come testimonia nel 1796 il Lamberti, su "una pelle di leone distesa sul nudo suolo".